Una de las consecuencias más preocupantes atribuidas al glifosato (y también negada por sus fabricantes) es el daño a las abejas. Todos los años los apicultores reportan muertes masivas de estos insectos, y suelen verlas caer en un vuelo descontrolado después de las fumigaciones. Diversos estudios encontraron que el glifosato causa daños en el sistema nervioso central de las abejas, que se manifiestan a través del deterioro en su aprendizaje, memoria y orientación, lo que afecta su capacidad de trasladar comida a la colonia. Un conjunto de abejas desorientadas y que no recuerdan dónde están las flores pueden morir si no regresan al panal. Si bien esta terrible mortandad de insectos observada en las últimas décadas puede estar vinculada a muchos otros pesticidas, existe una razón inesperada por la cual el glifosato parece encabezar la lista de sospechosos. En el año 2018, el microbiólogo Erick Motta descubrió que el herbicida perturba la comunidad de microorganismos que viven en el interior de la abeja al aniquilar específicamente una población de bacterias que protegen la salud de estos insectos. Estos descubrimientos recientes ponen de manifiesto que la aplicación masiva del glifosato no sólo puede destruir la economía de los apicultores, sino que también puede afectar negativamente a la misma agricultura.
Cuando una abeja visita una flor en busca de néctar para llevar a su colonia, su cuerpo se llena de polen y, sin saberlo, lo transporta de un lado al otro, fertilizando las flores en un proceso llamado polinización. Si bien las abejas son los polinizadores más conocidos, existen un sinfín de otros insectos que cumplen un papel importante en este sentido, como las mariposas, polillas, escarabajos, avispas y hasta moscas. Muchas especies de plantas utilizadas en la agricultura dependen de la polinización para producir sus frutos y semillas, motivo por el cual estos cultivos suelen tener flores vistosas, con néctar y polen accesibles para los polinizadores. Sin ellos, sería casi imposible la producción de frutales (como duraznos, manzanas y naranjas), de hortalizas (como tomates, calabazas y berenjenas), de frutos secos (como almendras, nueces y avellanas) y de algunas semillas ricas en aceite (como el girasol y la colza). Curiosamente, aunque se benefician de su presencia, aquellos cultivos fumigados con glifosato como la soja, el maíz, el trigo, la caña de azúcar y el algodón no necesitan del servicio de estos insectos, por lo que no se ven afectados por la merma de las poblaciones de polinizadores. Pero en el resto de la naturaleza, la visita de los insectos en las flores de las plantas silvestres es crucial para sostener la salud de los ecosistemas.
Los polinizadores tienen una relación simbiótica con las plantas desde la aparición de la primera flor en la Tierra hace unos 140 millones de años, y si su población se ve afectada, peligraría la base de la alimentación de todas las demás especies que conforman los ecosistemas. Además, la polinización contribuye al intercambio de material genético, y así al proceso de evolución y adaptación frente a cambios en el entorno, como enfermedades y condiciones climáticas adversas.